Цитадель Герата была основана во времена завоевания древнего города Александром Македонским и потому имеет также название Цитадель Александра. Сегодня цитадель открыта для посещения широкой публике, здесь также находится Национальный городской музей. Однако совсем недавно здесь располагался склад военной техники и боеприпасов. В 50-х годах прошедшего столетия цитадель попала в планы по сносу неиспользуемых объектов города, но была спасена ЮНЕСКО, под руководством которой были проведены раскопки и восстановительные работы в период времени между 1976 и 1978 годами.

На протяжении всего своего существования цитадель неоднократно подвергалась осаде и нападению. После нашествия монгольской армии в 1221 году, в ходе которого был полностью разрушен город Герат, крепость была значительно усилена и достроена. Так, например, в этот период были усилены башни, стены, валы и рвы, кроме того, с западной стороны была добавлена стена. Также были созданы два дворца с восточной стороны цитадели. Однако в 1380 году цитадель Герата была вторично разрушена армией Тимура, а восстановлена уже в первой половине 15-го столетия при Шахе Рухе, который разместил здесь свою резиденцию и перенес в Герат столицу. В это время крепость была усиленна камнем и обожженным кирпичом, а также обделана глазурованной плиткой.