Мечеть аль-Хамис считается старейшей мечетью Бахрейна, построенной в правление халифа династии Омейядов Умара II. По словам журналиста бахрейнской газеты Аль-Васат Кассима Хуссейна, альтернативным мнением, когда была построена мечеть, является, что она была возведена в конце правления династии Уйюнидов и с одним минаретом.

Датой основания мечети считается 692 год, однако надпись, найденная внутри мечети, сообщает о её строительстве в течение XI века. Она перестраивалась дважды, в XIV и XV веках, когда были возведены минареты. Недавно мечеть была частично реконструирована.