Морской музей Эстонии — музейная экспозиция на морскую тематику, рыболовство для научных исследований и подводную археологию.

Открыт 16 февраля 1935 года в здании Управления Водных Путей на Байковском причале торгового порта (сейчас территория терминала «D»). Первый директор — капитан Мадис Мей.

В настоящее время музейная экспозиция размещена в башне «Толстая Маргарита» в Таллине.

В экспозиции представлена история мореплавания, местного судостроения, портового и маячного хозяйства. Особого внимания заслуживает коллекция находок, поднятых со дня Балтийского моря. Также тут представлено водолазное оборудование разных времен.